تهدف جامعة الزهراء (عليها السلام) للبنات إلى تحقيق رؤيتها ورسالتها عن طريق الأهداف الآتية:

• ترسيخ القيم الخلقية والدينية لدى ملاكات الجامعة والطالبات عبر تفعيل دور الإرشاد والتوجيه فضلا عن تنمية القدرات المعرفية والعلمية والعملية.
• تعزيز مكانة الجامعة العلمية بين أوساط المجتمع الأكاديمي والعلمي عن طريق تطوير المنظومة التعليمية بعناصرها الثلاث (التدريس، المنهج، الطالب) بما يحقق رؤية الجامعة ورسالتها.
• تحسين القدرة المؤسسية للجامعة عبر تقديم الخدمات الإدارية والمالية على وفق معايير الجودة والكفاءة.
• زيادة رصيد البحث الأكاديمي عن طريق عمل الأبحاث النوعية لتحقيق الأهداف الاستراتيجية للجامعة.
• زيادة عدد البحوث التطبيقية لتلبية الاحتياجات البحثية للدولة على وفق معايير الاعتماد الأكاديمي والمؤسسي..
• النهوض بالواقع العلمي من خلال تأهيل المخرجات التعليمية وتطويرها باتباع أحدث البرامج العلمية والأساليب المعرفية في تقنيات التدريس.
• رفد مؤسسات الدولة والمراكز العلمية بباحثات كفوءات في مجالات العلوم الصحية والطبية والتربوية وبما يناسب متطلبات سوق العمل.
• العمل على تطوير ملاكات الجامعة الأكاديمية عن طريق التدريب والمشاركة البحثية، وذلك عبر فتح آفاق التعاون مع المؤسسات التعليمية على المستوى المحلي والاقليمي والعالمي.
• اعتماد مبدأ المزج بين الكفاءة المحلية والرصانة الأجنبية عبر عقد اتفاقات علمية عالمية مع جامعات رصينة.
• تحسين قدرات الملاكات التدريسية وتنمية مهاراتهم في البحث العلمي والابتكار من خلال توفير البرامج التعليمية بتقنية عالية.
• تعزيز دور جامعة الزهراء (عليها السلام) للبنات في نقل المعرفة والمهارة والثقافة الصحية لخدمة المجتمع.
• متابعة مخرجات الجامعة من الطالبات ودعمهن في مرحلة ما بعد التخرج.